东帝汶的独立极大地鼓舞了印尼其它地区的民族分离势力，伊利安、马鲁古、亚齐、廖内等地的独立运动越闹越凶，其中亚齐的局势较为严重：政府军与叛军冲突不断，流血事件接二连三，令新上任的瓦希德政府疲于招架，深感头痛。迫于国际社会的压力，印尼政府于5月12日与亚齐分离组织“自由亚齐运动”在日内瓦签署了临时和平协议，双方同意从6月2日起开始为期3个月的“人道停战”。但在6月初，亚齐独立运动秘书长朱法里被暗杀；6日，即和平协议生效后的第4天，印尼军队与亚齐叛军再次发生冲突；11日，印尼民主党南亚齐分部主席哈伦阿迪遭刺身亡。种种迹象表明，亚齐和平前景惨淡，独立之日更是遥遥无期。
亚齐位于印尼最西部，苏门答腊岛北端，首府班达亚齐距离首都雅加达1600公里。亚齐北倚马六甲海峡，西临印度洋，面积近6万平方公里，人口460万，其中98％信奉伊斯兰教。亚齐的石油、天然气、金银矿、木材等自然资源丰富，是印尼的主要财源。
亚齐人曾经对印尼共和国的成立做出过特殊贡献，但独立后中央政府的集权政策剥夺了亚齐人的许多权力和经济利益，其收入绝大部分被中央政府收走。苏哈托上台后对亚齐的控制与剥削有增无减。90年代以后，苏哈托政府对该省的剥削更是变本加厉，从1997—1998财政年度看，亚齐仅天然气资源就为中央财政贡献了45亿美元，而同年亚齐地方财政只有2140万美元。经济盘剥加剧了亚齐人寻求独立的步伐。
早在50年代初期，由于中央政府取消亚齐自治区的地位，解散亚齐人军团，同时禁止当地军人的贸易活动，亚齐分离主义运动逐渐产生，但由于遭到政府的残酷封杀而没有形成气候。1976年12月，“自由亚齐运动”宣告成立，这本是一个较小的反叛组织，但由于得到人民的支持而不断发展壮大，后来分裂势力与流亡海外的亚齐贵族结合起来，在瑞士成立总部，有组织地与中央政府对抗，展开游击战争。资料显示，从“自由亚齐运动”开始至今，印尼军警与亚齐武装分子的冲突从未间断，到1998年哈比比政府取亚齐“军事行动区”为止，共有8817名亚齐人被残杀，4000多人下落不明，4000人背井离乡。苏哈托的铁腕统治为亚齐的独立埋下了祸根。
1998年，哈比比上台后不仅未检讨以往的政策，反而增兵亚齐，使亚齐局势不断恶化。前不久，当地居民发现苏哈托时期惨遭军方杀害者的“万人坑”，更是加剧了亚齐人脱离中央政府的情绪。亚齐群众公开与政府的命令对抗，致使政府在亚齐的统治举步维艰。
瓦希德在去年10月底上台后，曾表达了有意让亚齐举行东帝汶式的投票。深受鼓舞的亚齐人民召开百万人大集会，要求政府雅加达实行全民投票，步东帝汶后尘。瓦希德答应全民投票，可以任选是否要成为“回教省”，但不能成为“回教国”。他还答应将75％的亚齐收入还给亚齐省享用。不过事后却削减到25％，瓦希德的出尔反尔再次使亚齐人大失所望。
这次和平协议是由印尼驻日内瓦大使哈桑与“自由亚齐运动”卫生部长阿布杜拉共同签订的。瓦希德政府原先打算派遣外交部长谢哈布前往日内瓦签署，但由于遭到来自国会部分议员的强烈批评而作罢。协议签订后，反对派对瓦希德的责骂之声不绝于耳，他们认为瓦希德同意与分离叛军签署协议是自作主张和越权行事，东帝汶走向独立也正是哈比比总统天真地估计东帝汶不会选择独立，自作主张允许东帝汶举行全民公决，结果使东帝汶危机一发不可收拾。反对派另外一个担心是，这次和平协议的签署会吊起独立分子的胃口，导致其它地区独立组织一哄而起，提出类似的要求。
目前，和平协议的具体内容尚未公之于众，但瓦希德称协议不会影响政府在亚齐的既定政策，也不会改变政府反对亚齐举行独立公决的立场。瓦希德对协议的影响作用轻描淡写，声称政府不会把“自由亚齐运动”组织当成亚齐人民的合法代表，换句话说，政府不会支持“自由亚齐运动”的独立要求，“协议的签订只是出于人道原因”。事实上，这项协议是瓦希德与“自由亚齐运动”领导人进行了数月的秘密谈判后签署的，具有着一定的国际背景。
首先，亚齐独立运动已产生了一定的国际影响力，以美国为首的西方大国近来不断向瓦希德政府施加政治和经济压力，要求找到解决亚齐问题的突破性方案。
其次，瓦希德政府还面临全球金融市场和国际货币基金组织的压力。
和平协议是印尼政府在亚齐问题上从军事镇压走向对话协商的一个转折，也是亚齐朝向和平道路迈进的重要一步，具有积极的意义。但从目前的情况看，和平协议能否付诸实践尚存在很大疑虑。首先，“自由亚齐运动”本身存在派系之争，不赞成签署停火协定一派的游击队不肯放下手中的武器，5月15日，即协议签署后的第三天，该运动中反和派游击队就与政府军发生冲突，造成多名平民伤亡。其次，政府军警在亚齐为非作歹的行为并没有因协议的签订而有所收敛，士兵向村民开枪的事件仍时有发生。第三，和平协议生效后不久，亚齐独立运动秘书长朱法里和印尼斗争派民主党南亚齐分部主席哈伦阿迪相继遭到暗杀，使和平协议前景变得更加扑朔迷离。因此，从总体上而言，和平协议的作用将是有限的。
和平协议很难成为亚齐走向独立的转折点，亚齐独立之路还很遥远。
首先，印尼政府绝不会让亚齐走上东帝汶式的独立之路，主要原因有：
一、亚齐资源丰富，是政府的主要财源，而东帝汶贫穷落后，是印尼财政补贴的“无底洞”。
二、目前，印尼很多地方分裂势力正在抬头，种族冲突愈演愈烈，政局异常不稳，政府面临着前所未有的挑战和考验。如果在这个节骨眼上让亚齐独立，无疑是对伊里安、马鲁古等地区独立运动的火上浇油，将引起印尼国家的分崩离析。印尼问题专家指出，亚齐省如果实行前途自决投票，这将可能是印尼解体的开端。
三、印尼军方是亚齐独立的坚决反对者，他们从一开始就反对举行公民投票，并明确表示即使投票也只能选择是否实行自治或实行伊斯兰法，绝不能包括独立的选择。
四、绝大多数亚齐人是穆斯林，与印尼国教伊斯兰教同祖同宗，如果说让天主教为主的东帝汶独立情有可原的话，那么亚齐独立无疑是对印尼整个伊斯兰的叛逆。
其次，亚齐独立缺乏国际支持。国际上，从科索沃等地的民族分裂运动看，有所“成就”的独立运动往往得到了国际力量的介入和支持。瓦希德上任后吸取了解决东帝汶问题的教训，想方设法排除外部干涉，尽量争取国际社会对印尼维护领土完整的支持，并委派专人负责解决亚齐事务。瓦希德先后出访了东盟、美国、日本和中东，访问的主要成果之一就是获得了国际社会对印尼亚齐政策的支持，即反对亚齐走向独立。国际社会特别是西方国家反对亚齐独立主要是从它们在亚齐的利益出发，政治上，他们不希望亚齐成为激进的穆斯林国家；经济上，美、日控制着亚齐大部分的石油和天然气开采，亚齐动荡或独立将对其经济利益产生负面影响；军事上，一旦亚齐独立，马六甲海峡“失守”，暴力升级，将打破军事战略平衡。东盟国家则主要担心亚齐局势恶化将给整个地区带来连锁反应，对区域安全带来不利影响。菲律宾外长西亚松曾警告说，如果以穆斯林为主的亚齐脱离印尼而独立，等于是对菲律宾的威胁，因为菲亦面临棉兰老岛的伊斯兰分离运动。
另外，从“自由亚齐运动”本身看，该组织内部存在不同的派系，争权夺利的现象十分严重，并且在很多问题上矛盾重重，尤其是在独立方式，即建立苏丹国还是共和制国家问题上的分歧尤为突出。这些矛盾将削弱独立运动的总体力量，使亚齐独立难成大器。
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